总务部共设置10个科室，分别为：运行保障科、规划管理科、预算管理科、修缮管理科、工程管理一科/二科/三科、后勤管理一科/二科、监督管理科。

总务部业务按科室职能统筹管理，相关科室人员和聘任制人员组成管理中心管理团队，设置校园建设项目管理中心和校园后勤运行管理中心2个管理中心，分别承担建设项目管理和后勤运行管理职能。通过科室和中心横竖双向矩阵管理方式，实现人员业务融合打通使用，即业务由科室横向统筹管理，事项由中心竖向管理落实。

监督管理科独立于两个中心之外，围绕全校总务相关，实施监管和提出改进建议或意见。